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Logo Institut für Physikalische und Theoretische Chemie der TU Braunschweig

Lehre

Lehrveranstaltungen

Aktuelle Vorlesungen im SoSe 2025

Bitte melden Sie sich im StudIP für die Veranstaltungen an!

Biomolekulare Modellierungen
Das Modul startet mit einer Vorbesprechung am Dienstag, 08.04.2024 um 11:30 Uhr. Die Vorlesung findet im Seminarraum HR 30.026A im Hagenring 30 statt. Alle weiteren Informationen werden über StudIP bekannt gegeben!

Biomolekulare Modellierungen

Kontakt

Prof. Dr. Christoph Jacob
Raum 204
(+49 531 391) 5347
c.jacob(at)tu-braunschweig.de
zum Profil

Anschrift
Gaußstraße 17
38106 Braunschweig
Deutschland

Lehrveranstaltungen vergangener Semester

SoSe 2024
Biomolekulare Modellierungen

WiSe 2023/24
Computerchemie
Fortgeschrittene Quantenchemie

SoSe 2023
Biomolekulare Modellierungen

WiSe 2022/2023
Computerchemie

SoSe 2022
Biomolekulare Modellierungen

WiSe 2021/22
Computerchemie
Fortgeschrittene Quantenchemie

SoSe 2021
Biomolekulare Modellierungen

WiSe 2020/21
Computerchemie

SoSe 2020
Aufklärung und Modellierung biologischer Strukturen

WiSe 2019/20
Computerchemie
Spektroskopische Methoden der Quantenchemie und -biologie

SoSe 2019
Biomolekulare Modellierungen

WiSe 2018/19
Computerchemie
Spektroskopische Methoden der Quantenchemie und -biologie

SoSe 2018
Physikalische Chemie 3
Biomolekulare Modellierungen

WS 2017/18
Computerchemie
Fortgeschrittene Quantenchemie- und Biologie

SoSe 2017
Physikalische Chemie 3
Biomolekulare Modellierungen

WS 2016/17
Computerchemie
Spektroskopische Methoden der Quantenchemie und -biologie

SoSe 2016
Physikalische Chemie 3
Biomolekulare Modellierungen

WS 2015/16
Computerchemie
Fortgeschrittene Quantenchemie- und Biologie

SoSe 2015
Biomolekulare Modellierungen

WS 2014/15
Computerchemie
Spektroskopische Methoden der Quantenchemie und -biologie

Themen für Abschlussarbeiten und Forschungspraktika

Bachelor- und Masterarbeiten in der theoretischen Chemie sind zu Themen aus allen unseren Forschungsbereichen jederzeit möglich. Studienarbeiten im Rahmen des PC-F-Praktikums (B.Sc. Chemie) sowie Forschungspraktika (M.Sc. Chemie und M.Sc. Chemische Biologie) können auch in der theoretischen Chemie durchgeführt werden. 

Voraussetzung ist ein Interesse für den Einsatz von theoretischen Methoden und Simulationen in der Chemie, über die Vorlesung “Computerchemie” hinausgehende Vorkenntnisse sind nicht erforderlich. Bei Interesse, melden Sie sich bitte bei Prof. Christoph Jacob.

Zweidimensionale Infrarotspektroskopie

Die zweidimensionale Infrarotspektroskopie (2D-IR) ist eine moderne experimentelle Technik, mit deren Hilfe anharmonische Kopplungen von lokalen Schwingungen gemessen werden können. Diese wird insbesondere eingesetzt, um die Struktur und Dynamik von Biomolekülen aufzuklären. Bisher existieren keine effizienten Ansätze, um 2D-IR-Spektren von Biomolekülen quantenchemisch zu berechnen. Im Rahmen einer Bachelor- oder Masterarbeit soll ein kürzlich in unserer Arbeitsgruppe entwickelte Methode zur Berechnung von anharmonischen Schwingungsspektren [ChemPhysChem 15, 3365 (2014)] auf 2D-IR-Spektroskopie erweitert werden. Dies beinhaltet sowohl die Erweiterung unseres Python-Codes “Vibrations” sowie dessen Anwendung für ausgewählte Testsysteme.

Theoretische Röntgenspektroskopie

Mit Röntgenstrahlung lassen sich Rumpfelektronen (z.B. aus einem 1s-Orbital) in unbesetzte Orbitale anregen. Mit Röntgenspektroskopie lassen sich unter anderem katalytische Reaktionsmechanismen (z.B. der selektiven katalytischen Reduktion von NO in Abgasen) aufklären. Im Rahmen einer Bachelor- oder Masterarbeit soll der Einfluss von Lösungsmittel- und Proteinumgebungen auf Röntgenspektren untersucht werden. Für die Berechnungen wird eine Kombination aus Molekulardynamik-Simulationen, quantenchemischen Einbettungsmethoden und Methoden der theoretischen Röntgenspektrosopie zum Einsatz kommen. In diesem Projekt steht die Anwendung verschiedenster theoretischer Methoden und Programmpakete im Mittelpunkt.

Plasmonen in molekularen Materialien

Plamonische Anregungen erlauben es Licht auf der Nanoskala zu manipulieren. Im Rahmen einer Bachelor- oder Masterarbeit soll mit Hilfe quantenchemischer Rechnungen untersucht werden, wie sich molekularen Materialen entwerfen lassen, die plasmonische Anregungen aufweisen und wie sich die Eigenschaften solcher Materialen gezielt beeinflussen lassen. Dies beinhaltet Berechnungen der Anregungsspektren der molekularen Bausteine solcher Materialen, die Identifizierung der Plasmonen mit Hilfe geeigneter Analysemethoden [J. Phys. Chem. C 117, 1863-1878 (2013)]. Des weiteren soll die Einbettung der molekularen Bausteine in Materialen sowie deren Einfluss auf die plasmonischen Anregungen mit Hilfe von Subsystem-Methoden untersucht werden. Diese Thema bietet eine ersten Einblick in das spannende Gebiet der (theoretischen) “Quanten-Plasmonik”.

Einbettungsverfahren für Oberflächen

Im Rahmen einer Bachelor- oder Masterarbeit sollen die in unserer Arbeitsgruppe entwickelten Einbettungs- und Subsystemmethoden auf die Beschreibung von Molekülen auf Oberflächen erweitert werden. Hierfür sollen neue Methoden zur Konstruktion der Einbettungspotentiale periodischer Umgebungen in die Skripting-Umgebung PyADF implementiert werden. Diese Methoden sollen dann zum Beispiel in der theoretischen Röntgenspektroskopie abgewendet werden. Dieses Projekt erlaubt es, Erfahrungen in der quantenchemischen Softwareentwicklung zu sammeln.

DFT für offenschalige Moleküle

Übergangsmetallkomplexe mit ungepaarten Elektronen sind eine der größten Herausforderungen für die theoretische Chemie. Zur Zeit gibt es keine Methoden, die für solche Komplexe bei vertretbarem Rechenaufwand zuverlässige Vorhersagen machen können. Um die Dichtefunktionaltheorie (DFT) in die Lage zu versetzen, offenschalige Systeme zuverlässig zu beschreiben, soll im Rahmen einer Bachelor- oder Masterarbeit die exakte Abhängigkeit des Austausch-Korrelations-Funktionals für offenschalige Systeme für Modellsysteme untersucht werden. Hierfür sollen für einfache Systeme genaue Referenzrechnungen mit Wellenfunktionsmethoden (CI, CASSCF) durchgeführt und mit Hilfe von Rekonstruktionsmethoden untersucht werden. Dieses Thema bietet die Möglichkeit, die Grundlagen der DFT näher kennenzulernen und erste Erfahrungen in der quantenchemischen Methodenentwicklung zu sammeln.

Berechnung biomolekularer Schwingungsspektren

Im Rahmen einer Studienarbeit oder eines Forschungspraktikums sollen Schwingungsspektren von Aminosäuren in Lösung berechnet werden. Hierbei werden sowohl Infrarot- und Raman-Spektren als auch Raman optische Aktivität betrachtet. Für die Berechnungen wird eine Kombination aus Molekulardynamik-Simulationen, quantenchemischen Einbettungsmethoden und Methoden der theoretischen Schwingungsspektroskopie zum Einsatz kommen. Dieses Projekt erlaubt es, zahlreiche theoretische Methoden und Programmpakete kennenzulernen, die in unserer Arbeitsgruppe zum Einsatz kommen.

Berechnung magnetischer Eigenschaften von Übergangsmetallkomplexen

In mehrkernigen Übergangsmetallkomplexen können die Spins an verschiedenen Metallzentren unterschiedlich stark gekoppelt sein. Diese Spin-Kopplungen bestimmen die magnetischen Eigenschaften solcher Komplexe. Die Vorhersage von Spin-Kopplungen mit Hilfe von Subsystem-Methoden soll im Rahmen einer Studienarbeit oder eines Forschungspraktikums getestet werden. Als Beispiel sollen hier Kupferkomplexe betrachtet werden. Für dieses Projekt ist Interesse an anorganischer Chemie und der Chemie von Übergangsmetallkomplexen wünschenswert.

Berechnung der angeregten Zustände von Farbstoffen

Im Rahmen einer Studienarbeit oder eines Forschungspraktikums sollen die angeregten Zustände von Farbstoffen für die hochauflösende Mikroskopie, die in der Arbeitsgruppe Tinnefeld entwickelt werden, berechnet werden. Für die Berechnungen sollen verschiedene quantenchemische Methoden (TDDFT, CC, CASSCF) eingesetzt und verglichen werden. Lösungsmitteleffekte können in einem zweiten Teil des Projektes mit Hilfe von Einbettungsmethoden ebenfalls berücksichtigt werden. Dieses Projekt erlaubt es, zahlreiche theoretische Methoden und Programmpakete kennenzulernen, die in unserer Arbeitsgruppe zum Einsatz kommen.

Implementierung von Einbettungsmethoden in PyADF

Die Skripting-Umgebung PyADF, die in unserer Arbeitsgruppe entwickelt wird, ermöglicht es komplexe Berechnungen mit quantenchemischen Einbettungsmethoden durchzuführen, die viele einzelne Berechnungsschritte erfordern. Im Rahmen einer Studienarbeit oder eines Forschungspraktikums sollen neue Methoden für die Berechnung von molekularen Materialien, die unter anderem in der organischen Photovoltaik von Bedeutung sind, in PyADF implementiert werden. Ein Interesse an Softwareentwicklung ist für dieses Projekt erforderlich, Programmierkenntnisse können im Laufe der Arbeit erworben werden.

Weitere Informationen:

Abschlussarbeiten Praktika

Erfolgreich abgeschlossene Abschlussarbeiten

Bachelorarbeiten
  • Quantenchemische Untersuchung des Mechanismus der selektiven katalytischen Reduktion von NOx
  • Konvergenz der 'Many-Body-Expansion' für molekulare Cluster
  • Analyse der Strukturabhängigkeit der Röntgenemissions-Spektren von Eisen-Carbonyl-Komplexen
  • Sekundärstrukturelemente als Modellsystem für die theoretische Schwingungsspektroskopie
  • Overtones and Combination Bands in Theoretical Vibrational Spectroscopy
  • Distance-dependence of many-body interaction energies: Aspirin and oxalyl dihydrazide as test cases
  • Automatisierte Analyse der Strukturempfindlichkeit in der theoretischen Spektroskopie
  • Vergleich von Schwingungs-Exciton-Modellen mit quantenchemischen Berechnungen
  • Quantenchemische Untersuchung der Lösungsmitteleffekte auf lokale Schwingungsmoden in Polypeptiden
  • Berechnung anharmonischer Schwingungsspektren von DNA-Basen mit lokalisierten Moden
  • Model Sensitivity Analysis in QM/MM calculations
  • The Watson Operator in Anharmonic Theoretical Vibrational Spectroscopy
  • Implementation and Assesssment of Density Functional Theory with Bayesian Error Estimation
  • Quantifizierung von Unsicherheiten in der Berechnung von chirooptischen Spektren
  • Berechnung von 2D-IR-Spektren von Nukleinbasen
  • Dichtebasierte Mehrteilchen-Entwicklungen für Ionen-Wasser-Cluster
Masterarbeiten
  • Komplex-skalierte Quantenchemie
  • Beschreibung von intermolekularem Ladungstransfer mit Subsystem-DFT
  • Quantenchemische Berechnungen der Röntgenemissionsspektren von Aminosäuren
  • Investigation of the Stereoselectivity and Thermal Stability of Halohydrin Dehalogenase G Mutants with Classical and Quantum Chemical Simulations
  • Spin-State Dependence of Exchange-Correlation Holes
  • Assignment of Vibrational States in Vibrational Configuration Interaction Calculations Based on Localized Modes
  • Moleküldynamik-Simulationen der Orientierung von Farbstoffmolekülen in verstreckten Polymeren
  • Combining the Density-Based Many-Body Expansion with Coupled Cluster Methods
Dissertationen

Theoretical X-Ray Spectrosopy of Iron Complexes

Andrew Atkins (2013)

Online Version

Theoretical Vibrational Spectroscopy with Localized Modes

Pawel Panek (2013)

Insights into the Selective Catalytic Reduction of NOx from Quantum Chemical Calculations and Theoretical X-ray Spectroscopy

Julian Rudolph (2019)

Online Version

Bildnachweise dieser Seite

Forschung

Arbeitsgruppen
AG Bauerecker
AG Hohm
AG Jacob
AG Maul
AG Proppe
AG Tschierlei 
AG Walla

Assoziierte Gruppen
AG Muñoz (GRS)

Emeriti
AG Becker
AG Gericke

Institut

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