Markus Lüdke studierte Schulmusik an der Folkwang Hochschule Essen und Mathematik an der Mercator-Universität Duisburg. Von 1999 bis 2013 leitete er den Programmbereich Musik an der Bundesakademie für kulturelle Bildung Wolfenbüttel. Ein Schwerpunkt seiner dortigen Tätigkeit war die Entwicklung und Durchführung von Weiterbildungsangeboten für die Chorpraxis und Konzertpädagogik. Im März 2013 übernahm er die Leitung der Musikland Niedersachsen gGmbH. Seit April 2018 ist er künstlerischer Geschäftsführer der Landesmusikakademie und Musikland Niedersachsen gGmbH.
Seine Erfahrungen als Dirigent und Musikvermittler sammelte Markus Lüdke in langjähriger aktiver Konzerttätigkeit in der Jugendorchesterarbeit, am Theater, mit Projekten zur Neuen Musik oder im Rahmen von Festivals.
Sein besonderes Interesse gilt der Konzeption und Gestaltung überraschender Veranstaltungsformen mit und um Musik. Hier entwickelt er u.a. thematische Konzertprogramme, die oft szenisch durchgestaltet sind und an außergewöhnlichen, für die Thematik sinnfälligen Orten realisiert werden: So bespielte er mit dem Jugendorchester Duisburg (heute Klangkraft) 1998 bei der »Anleitung zum musikalischen Kaufrausch« Musique d’Ameublement die 6 Etagen der Galeria Kaufhof in Duisburg samt Schaufenstern, Supermarktkassen und Umkleidekabinen.
In der Braunschweiger Region realisierte Markus Lüdke im Rahmen der Krimireihe „Tatort Wolfenbüttel“ in der Volksbank Wolfenbüttel den inszenierten Banküberfall Geld oder Leben – Ein Liederabend mit musikalischem Brecheisen sowie zum Wolfenbütteler Jahr des Barock das Familienkonzert Cäsar spielt Oper – Eine musikalische Zeitreise ins Jahr 1724.
Das Orchester der Technischen Universität Braunschweig, dessen Leitung er zum Wintersemester 2006/07 übernommen hat, kennt ihn bereits von einem „Gastspiel“ aus dem Sommersemester 2002.
